Bên Việt Nam thanh toán cho nhà thầu nước ngoài phải khấu trừ và nộp thuế nhà thầu (FCT) trong 10 ngày làm việc kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế (Luật Quản lý thuế 2019, Điều 33.2(c); NĐ 126/2020, Điều 8.4(n)). Nộp chậm bị tính lãi 0,03%/ngày — chậm 180 ngày = phạt 5,4% tổng số thuế.
FCT gồm hai thành phần: GTGT (1–5%) và TNDN (0,1–10%) trên giá trị hợp đồng gộp. Thuế suất kết hợp dao động từ 2% (hàng hóa: 1% GTGT + 1% TNDN) đến 10% (dịch vụ: 5% GTGT + 5% TNDN). Lựa chọn phương pháp tính ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí thuế và mức độ tuân thủ.
Ba phương pháp tính thuế nhà thầu
Phương pháp tính FCT phụ thuộc cấu trúc hoạt động của nhà thầu tại Việt Nam. Phương pháp Trực tiếp là mặc định cho nhà thầu không có cơ sở thường trú (Permanent Establishment — PE). Phương pháp Khấu trừ áp dụng khi nhà thầu có PE và sổ sách theo chuẩn mực kế toán Việt Nam (VAS). Phương pháp Hỗn hợp kết hợp GTGT theo hóa đơn với TNDN theo tỷ lệ ấn định.
Phương pháp Trực tiếp (tỷ lệ ấn định trên doanh thu)
Áp dụng tỷ lệ ấn định trên doanh thu hợp đồng, không cần báo cáo tài chính kiểm toán. Bên Việt Nam khấu trừ FCT theo thuế suất cố định tùy loại hoạt động — đây là khoản thuế cuối cùng cho nhà thầu (TT 103/2014, Điều 8). Nhà thầu không phải kê khai TNDN quý hay kiểm toán hàng năm.
Ưu điểm: đơn giản cho hợp đồng ngắn hạn. Nhược điểm: thuế cao hơn khi biên lợi nhuận thực tế thấp hơn tỷ lệ ấn định. Ví dụ: dịch vụ tư vấn IT chịu TNDN ấn định 5% dù lợi nhuận thực chỉ 3% — chênh 2 điểm phần trăm trên giá trị hợp đồng.
Thuế suất GTGT ấn định (từ 01/07/2025)
TT 69/2025/TT-BTC Phụ lục I quy định thuế suất GTGT ấn định:
- 1% — phân phối, bán buôn hàng hóa
- 5% — dịch vụ không kèm nguyên vật liệu, tư vấn, cho thuê tài sản
- 3% — xây dựng có nguyên vật liệu, vận tải
- 2% — hoạt động khác
Thuế suất GTGT ấn định trên thay thế các quy định GTGT cũ tại TT 103/2014 (Điều 6, 9, 12, 15), bãi bỏ bởi TT 69/2025, Điều 10.3.c.
Thuế suất TNDN ấn định
TT 103/2014 Điều 11-13 quy định thuế suất TNDN ấn định:
- Dịch vụ: 5% doanh thu hợp đồng
- Hàng hóa (không bảo hành): 1%
- Xây dựng/lắp đặt: 2%
Thuế suất FCT kết hợp: từ 2% (hàng hóa) đến 10% (dịch vụ) trên giá trị hợp đồng gộp.
Phương pháp Khấu trừ (lợi nhuận thực tế theo VAS)
Tính thuế trên lợi nhuận thực tế thay vì tỷ lệ ấn định. Nhà thầu có cơ sở thường trú hoặc được công nhận là đối tượng cư trú thuế tại VN đủ điều kiện, với điều kiện kê khai TNDN tạm tính quý và báo cáo tài chính kiểm toán hàng năm theo chuẩn mực kế toán VN (TT 103/2014, Điều 8).
Điều kiện: (1) cơ sở kinh doanh cố định tại VN từ 183 ngày trở lên, hoặc (2) được công nhận là đối tượng cư trú thuế VN.
Nhà thầu phải duy trì sổ sách theo VAS với tài khoản riêng cho hoạt động tại VN. TNDN áp dụng thuế suất 20% trên lợi nhuận chịu thuế thực tế (Luật 67/2025/QH15, hiệu lực 01/10/2025).
Chi phí tuân thủ gồm: thuê kế toán trưởng (bắt buộc theo NĐ 174/2016 cho doanh nghiệp có cơ sở thường trú), kê khai TNDN tạm tính quý, kiểm toán độc lập hàng năm. Chỉ phù hợp với dự án xây dựng lớn hoặc hợp đồng dịch vụ dài hạn.
Phân tích hòa vốn: hợp đồng trên 10 tỷ đồng với biên lợi nhuận dưới 10% thường có lợi từ Phương pháp Khấu trừ dù chi phí tuân thủ cao hơn.
Phương pháp Hỗn hợp (kết hợp)
Phương pháp Hỗn hợp theo TT 103/2014, Điều 14: áp dụng GTGT theo phương pháp hóa đơn (khấu trừ đầu vào) kết hợp TNDN theo tỷ lệ ấn định. Nhà thầu phát hành hóa đơn GTGT, khấu trừ GTGT đầu vào từ mua hàng nội địa, nộp GTGT đầu ra cho cơ quan thuế. TNDN vẫn theo tỷ lệ ấn định (5%, 2%, hoặc 1%).
Điều kiện:
- Có cơ sở thường trú hoặc đối tượng cư trú thuế tại VN
- Thời hạn hợp đồng từ 183 ngày trở lên
- Sổ sách kế toán theo hướng dẫn Bộ Tài chính
Một số Cục thuế địa phương chấp nhận hệ thống kế toán đơn giản hóa cho Phương pháp Hỗn hợp thay vì tuân thủ VAS đầy đủ. Bên Việt Nam nên xin xác nhận bằng văn bản từ Cục thuế trước khi lựa chọn.
Phù hợp với nhà thầu có chi phí đầu vào nội địa lớn (nguyên vật liệu xây dựng, nhà thầu phụ) — cho phép khấu trừ GTGT đầu vào mà Phương pháp Trực tiếp không có.
⚠️ Lưu ý: Lựa chọn phương pháp cần xác nhận trước từ cơ quan thuế — không tự ý áp dụng khi chưa có văn bản chấp thuận.
Cập nhật pháp lý 2025–2026
Khung pháp lý FCT hiện chia thành hai thông tư. TT 69/2025/TT-BTC (hiệu lực 01/07/2025) quy định thuế suất GTGT ấn định và cho phép nhà thầu không có cơ sở thường trú đăng ký phát hành hóa đơn GTGT trực tiếp — trước đây chỉ dành cho nhà thầu có PE. Phương pháp tính TNDN vẫn theo TT 103/2014 Điều 7-15. Luật 67/2025/QH15 (hiệu lực 01/10/2025) quy định nghĩa vụ TNDN cho doanh nghiệp nước ngoài, triển khai qua NĐ 320/2025 (hiệu lực 15/12/2025).
Khung pháp lý chia đôi tạo khoảng trống tuân thủ: bên Việt Nam quản lý nhiều nhà thầu phải theo dõi GTGT theo TT 69/2025 riêng biệt với TNDN theo TT 103/2014. Theo kinh nghiệm thực tế, nhiều hồ sơ FCT lần đầu bị truy thu do áp dụng sai thông tư cho sai thành phần thuế.
Tiến độ triển khai e-filing: TP.HCM, Hà Nội, Bình Dương đã áp dụng kê khai FCT điện tử từ Q4/2025. Các tỉnh khác vẫn chấp nhận kê khai giấy tính đến 01/2026.
Hiệp định tránh đánh thuế hai lần (DTA)
Hiệp định thuế giảm thuế suất TNDN khấu trừ dưới mức trong nước cho nhà thầu cư trú tại quốc gia có hiệp định. Việt Nam có DTA với hơn 80 quốc gia. Hiệp định với Nhật Bản, Hàn Quốc, Singapore, và các nước EU thường giảm TNDN xuống 5–7,5% so với 10% thuế suất ấn định trong nước.
Thủ tục áp dụng hiệp định: Giấy xác nhận cư trú thuế từ quốc gia nhà thầu + Mẫu 01/HTQT nộp tại Cục thuế (TT 80/2021, Điều 11). Thời gian xử lý 30–60 ngày: xin Giấy xác nhận cư trú (10–15 ngày tại nước sở tại), chuẩn bị Mẫu 01/HTQT (3–5 ngày), Cục thuế VN xét duyệt (15–40 ngày tùy địa phương).
Khuyến nghị: nộp hồ sơ hiệp định trước 60 ngày trước thanh toán đầu tiên. Nhiều bên Việt Nam khấu trừ theo thuế suất trong nước trước, rồi xin hoàn — tạo bất lợi dòng tiền vì hoàn thuế mất 6–12 tháng. Cục thuế TP.HCM, Hà Nội, Đà Nẵng yêu cầu nhà thầu có mã số thuế trước khi xử lý hồ sơ hiệp định — thêm 15–20 ngày.
Nhà thầu có cơ sở thường trú tại VN cần lưu ý: giao dịch liên kết với bên Việt Nam phát sinh nghĩa vụ lập hồ sơ chuyển giá khi có quan hệ sở hữu hoặc kiểm soát chung.
Rủi ro và chế tài
Vi phạm FCT chịu 3 chế tài: lãi chậm nộp, phạt chọn sai phương pháp, và thiếu hồ sơ. Lãi chậm nộp 0,03%/ngày từ ngày quá hạn đến khi thuế vào ngân sách (Luật Quản lý thuế 2019, Điều 59.2; áp dụng đến 30/06/2026).
Vi phạm phổ biến
- Không khấu trừ khi thanh toán — bên VN thanh toán toàn bộ cho nhà thầu mà không tách FCT. Cơ quan thuế truy thu bên VN bất kể nhà thầu đã nhận đủ tiền. Không có điều khoản hợp đồng → không thu hồi được
- Chọn sai phương pháp — áp dụng Trực tiếp khi nhà thầu có PE → bị truy thu theo Khấu trừ. Ngược lại, kê khai Khấu trừ khi không đủ sổ sách → bị chuyển sang Trực tiếp với thuế suất ấn định cao hơn + phạt
- Thiếu hồ sơ lưu trữ — dù khấu trừ đúng số thuế, thiếu hồ sơ vẫn bị phạt. Lưu trữ tối thiểu 5 năm:
- Giấy đăng ký kinh doanh (ĐKKD) nhà thầu (hợp pháp hóa lãnh sự/apostille)
- Hợp đồng kèm lịch thanh toán và điều khoản phân bổ FCT
- Chứng từ nộp thuế FCT
- Biên bản lựa chọn phương pháp (xác nhận PE, bằng chứng VAS, hồ sơ hiệp định nếu có)
Cục thuế ưu tiên thanh tra hợp đồng trên 100 triệu đồng/năm. Xây dựng, CNTT, cho thuê thiết bị chịu kiểm tra kỹ do cấu trúc nhà thầu phụ phức tạp.
Thực tế áp dụng tại các địa phương
TT 103/2014 quy định Phương pháp Khấu trừ cần “sổ sách theo VAS”, nhưng một số Cục thuế yêu cầu 3 năm báo cáo tài chính (BCTC) kiểm toán tại VN trước khi duyệt — tiêu chuẩn không có trong thông tư. Nhà thầu đăng ký PE lần đầu thường bị xếp vào Phương pháp Trực tiếp 2–3 năm đầu bất kể năng lực kế toán.
Hồ sơ hiệp định cũng gặp vướng tương tự: TT 80/2021 cho phép áp dụng “khi nộp giấy xác nhận cư trú”, nhưng Cục thuế yêu cầu có MST VN trước — mất thêm 15–30 ngày.
Checklist tuân thủ thực tế:
- Xác nhận yêu cầu cụ thể của Cục thuế địa phương trước 60 ngày ký hợp đồng
- Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ (giấy ĐKKD, xác nhận PE, giấy cư trú thuế) trước
- Đưa timeline khấu trừ 10 ngày vào lịch thanh toán hợp đồng
- Soạn điều khoản gross-up FCT trong hợp đồng — xác định rõ bên nào chịu thuế
- Mở tài khoản ngân hàng VN cho nhà thầu có nhiều lần thanh toán
Indochina Link Vietnam cung cấp dịch vụ tư vấn thuế nhà thầu bao gồm phân tích lựa chọn phương pháp, áp dụng hiệp định thuế, và phối hợp với Cục thuế địa phương. Liên hệ để được tư vấn.
Xem thêm: đăng ký MST nhà thầu nước ngoài | giao dịch liên kết | hóa đơn điện tử
Nội dung dựa trên TT 103/2014/TT-BTC, TT 69/2025/TT-BTC, TT 80/2021/TT-BTC, Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14, Luật 67/2025/QH15, NĐ 320/2025/NĐ-CP. Cập nhật đến tháng 3/2026. Quy định có thể thay đổi — tham khảo ý kiến chuyên gia thuế trước khi thực hiện.
