Hướng dẫn đăng ký và khai thuế ban đầu cho doanh nghiệp mới 2026

Sau khi nhận Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (ERC), doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp nội địa bước ngay vào giai đoạn thiết lập tuân thủ thuế. Đây là phần mở đầu của quản lý thuế trong vòng đời doanh nghiệp. Mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế duy nhất.

Mã số thuế được cấp cùng ERC qua cơ chế liên thông, nên doanh nghiệp không nộp hồ sơ đăng ký thuế riêng và không có thời hạn 10 ngày cho việc này (Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Doanh nghiệp tự làm các bước còn lại: tài khoản thuế điện tử, ngân hàng, chính sách kế toán và hóa đơn. Chậm nộp hồ sơ khai thuế bị phạt, và mã số thuế có nguy cơ chuyển sang trạng thái 06.

Năm 2026 có ba mốc thay đổi: lệ phí môn bài chấm dứt từ 01/01/2026 theo Nghị quyết 198/2025/QH15, chế độ kế toán mới theo Thông tư 99/2025/TT-BTC thay Thông tư 200/2014/TT-BTC, và Nghị định 254/2026/NĐ-CP đưa ra chuẩn hóa đơn điện tử mới từ 01/07/2026. Dưới đây là lộ trình cho doanh nghiệp mới thành lập công ty.

1. Lộ trình tám bước khởi tạo tuân thủ thuế ban đầu

1.1. Mua chữ ký số và kích hoạt tài khoản thuế điện tử

Chữ ký số (USB Token hoặc Cloud CA) là phương tiện xác nhận phổ biến cho hồ sơ thuế điện tử; cơ quan thuế cũng chấp nhận tài khoản định danh điện tử. Doanh nghiệp mua chứng thư số từ tổ chức được cấp phép, rồi đăng ký tài khoản giao dịch thuế điện tử trên Cổng Thuế điện tử (thuedientu.gdt.gov.vn).

1.2. Mở tài khoản ngân hàng và đăng ký nộp thuế điện tử

Doanh nghiệp mở tài khoản thanh toán tại ngân hàng thương mại; doanh nghiệp FDI mở thêm tài khoản vốn đầu tư nước ngoài (trước đây là tài khoản vốn đầu tư trực tiếp, DICA) bên cạnh tài khoản VND:

1. Thông báo tài khoản: Cung cấp thông tin tài khoản cho ngân hàng; ngân hàng chuyển số hiệu tài khoản theo mã số thuế cho cơ quan thuế, doanh nghiệp không phải khai thêm khi đăng ký thuế lần đầu.
2. Liên kết nộp thuế điện tử: Làm thủ tục nộp thuế điện tử với ngân hàng nơi mở tài khoản.

1.3. Lựa chọn chế độ kế toán và xác định niên độ kế toán

• Thông tư 99/2025/TT-BTC: Áp dụng từ 01/01/2026, thay Thông tư 200/2014/TT-BTC.
• Thông tư 133/2016/TT-BTC: Dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa. Doanh nghiệp này được chọn Thông tư 99/2025/TT-BTC nhưng phải áp dụng nhất quán trọn năm.

Niên độ kế toán mặc định theo năm dương lịch, từ 01/01 đến 31/12. Doanh nghiệp có đặc thù về tổ chức, hoạt động (kể cả doanh nghiệp FDI theo công ty mẹ) có thể chọn kỳ lập báo cáo tài chính kết thúc vào 31/03, 30/06 hoặc 30/09 và phải thông báo cho cơ quan tài chính, cơ quan thuế. Kỳ đầu tiên ngắn, không quá 03 kỳ kế toán tháng liên tiếp, được gộp vào năm kế tiếp, nhưng tổng thời gian gộp không quá 15 tháng theo Luật Kế toán 88/2015/QH13 (sửa đổi bởi Luật 56/2024/QH15).

1.4. Xác định phương pháp trích khấu hao tài sản cố định

Doanh nghiệp chọn phương pháp trích khấu hao tài sản cố định theo quy định hiện hành và áp dụng nhất quán.

1.5. Bố trí kế toán trưởng hoặc thuê dịch vụ kế toán

Theo Luật Kế toán 88/2015/QH13, doanh nghiệp bố trí kế toán trưởng hoặc thuê dịch vụ làm kế toán trưởng. Chưa bổ nhiệm ngay được thì cử người phụ trách kế toán trong tối đa 12 tháng (Nghị định 174/2016/NĐ-CP). Doanh nghiệp lưu quyết định bổ nhiệm hoặc hợp đồng thuê dịch vụ làm hồ sơ nội bộ.

1.6. Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP (thay Nghị định 123/2020/NĐ-CP từ 01/07/2026), doanh nghiệp mới nộp Tờ khai Mẫu 01/ĐKTĐ-HĐĐT qua nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử; người đại diện theo pháp luật xác thực sinh trắc học và xác nhận qua email, số điện thoại đã đăng ký. Thông tin khớp và không thuộc diện rủi ro thì chậm nhất ngày làm việc kế tiếp cơ quan thuế chấp nhận (Mẫu 01/TB-ĐKĐT). Thuộc diện rủi ro thì doanh nghiệp phải giải trình hoặc chịu xác minh địa chỉ (Thông tư 91/2026/TT-BTC).

1.7. Xác nhận bãi bỏ lệ phí môn bài từ năm 2026

Nghị quyết 198/2025/QH15 chấm dứt việc thu, nộp lệ phí môn bài từ ngày 01/01/2026. Doanh nghiệp thành lập mới từ năm 2026 không nộp tờ khai và không đóng lệ phí môn bài.

1.8. Treo biển hiệu tại trụ sở và chuẩn bị mặt bằng thực tế

Luật Doanh nghiệp 59/2020/QH14 yêu cầu gắn tên doanh nghiệp tại trụ sở, chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh; nên ghi thêm mã số thuế và địa chỉ để cơ quan thuế dễ kiểm tra thực địa. Doanh nghiệp cần có hợp đồng thuê hợp pháp và nhân sự túc trực khi đoàn kiểm tra đến.

2. Phương pháp tính thuế GTGT và kỳ kê khai ban đầu

2.1. Bãi bỏ hoàn toàn Mẫu 06/GTGT

Doanh nghiệp mới không phải nộp Mẫu 06/GTGT để đăng ký khấu trừ. Theo Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (Điều 11), phương pháp khấu trừ áp dụng cho cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và có doanh thu từ 01 tỷ đồng/năm trở lên, hoặc tự nguyện áp dụng. Doanh nghiệp thuộc diện này khai thuế khấu trừ bằng Tờ khai Mẫu 01/GTGT qua eTax. Doanh thu ước tính cả năm dưới 01 tỷ đồng thì áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo doanh thu, trừ trường hợp tự nguyện áp dụng khấu trừ.

2.2. Xác định kỳ kê khai thuế GTGT ban đầu

Theo Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC:

• Doanh nghiệp mới bắt đầu hoạt động được lựa chọn kê khai thuế GTGT theo quý.
• Nếu doanh thu của năm mới bắt đầu hoạt động trên 50 tỷ đồng (kể cả khi năm đó chưa đủ 12 tháng), doanh nghiệp kê khai theo tháng từ năm dương lịch liền kề tiếp theo.
• Nếu từ 50 tỷ đồng trở xuống, sau khi hoạt động đủ 12 tháng, doanh nghiệp căn cứ doanh thu năm dương lịch trước liền kề để chọn kê khai theo tháng hoặc theo quý.
• Hạn nộp tờ khai quý là ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo; hạn trùng ngày nghỉ thì lùi sang ngày làm việc liền kề (Điều 3 khoản 7 Nghị định 252).

2.3. Nộp tờ khai trắng khi chưa phát sinh hoạt động

Chưa có doanh thu hay chi phí vẫn phải nộp tờ khai: nghĩa vụ này phát sinh theo kỳ tính thuế và chỉ các trường hợp được liệt kê tại Điều 11 Nghị định 252 mới được miễn, như doanh nghiệp chế xuất chỉ có hoạt động chế xuất (đối với thuế GTGT) hoặc đang tạm ngừng hoạt động. Nếu không có giao dịch, kế toán lập Tờ khai Mẫu 01/GTGT, chọn mục không phát sinh hoạt động mua bán trong kỳ và gửi đúng hạn. Mức phạt chậm nộp xem mục 4.1 và bài quản lý thuế.

3. Danh mục hồ sơ và kênh tiếp nhận thủ tục ban đầu

4. Chế tài và rủi ro khóa mã số thuế

4.1. Mức xử phạt nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn

Mức phạt dưới đây là mức đối với tổ chức theo Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP); cá nhân và hộ kinh doanh bằng một nửa:

• Chậm đến 90 ngày: phạt cảnh cáo hoặc từ 2 đến 15 triệu đồng, tăng dần theo số ngày chậm.
• Chậm quá 90 ngày, không phát sinh thuế phải nộp: phạt từ 8 đến 15 triệu đồng.
• Chậm quá 90 ngày, có phát sinh thuế: phạt từ 15 đến 25 triệu đồng nếu đã nộp đủ thuế và tiền chậm nộp trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra hoặc lập biên bản. Nếu chưa nộp đủ trước mốc đó, hành vi bị xử lý như trốn thuế, phạt từ 1 đến 3 lần số thuế trốn, kèm tiền chậm nộp 0,03%/ngày.

4.2. Nguy cơ khóa mã số thuế theo trạng thái 06

Trạng thái 06 nghĩa là người nộp thuế bị xác định “không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký”. Cơ quan thuế chuyển mã số thuế sang trạng thái 09 (chờ xác minh) khi doanh nghiệp không nộp hồ sơ khai thuế sau thông báo lần hai, thư bưu chính bị trả lại hoặc doanh nghiệp mới bị phân loại rủi ro. Nếu sau 05 ngày làm việc doanh nghiệp chưa nộp tờ khai hoặc giải trình không được chấp nhận, cơ quan thuế xác minh thực tế tại địa chỉ đăng ký. Kết quả là không hoạt động tại địa chỉ thì cơ quan thuế ban hành thông báo và chuyển sang trạng thái 06 (Điều 16 Thông tư 90/2026/TT-BTC).

Hệ lụy: Từ lúc có thông báo, doanh nghiệp chỉ được dùng mã số thuế cho thủ tục chấm dứt hoặc khôi phục (Điều 8 Nghị định 252). Hóa đơn của bên bán lập từ ngày cơ quan thuế xác định bên bán không hoạt động tại địa chỉ đăng ký là hóa đơn không hợp pháp, không được khấu trừ GTGT và không tính vào chi phí được trừ (Nghị định 254/2026/NĐ-CP); doanh nghiệp mới nên kiểm tra mã số thuế của nhà cung cấp. Nếu sau 120 ngày kể từ thông báo mà doanh nghiệp chưa khôi phục hoặc chấm dứt hiệu lực mã số thuế, người đại diện theo pháp luật hoặc chủ sở hữu hưởng lợi có thể bị tạm hoãn xuất cảnh. Biện pháp này cũng áp dụng khi doanh nghiệp bị cưỡng chế, nợ thuế từ 500 triệu đồng và quá hạn từ 120 ngày (Điều 28 Nghị định 252).

Để khôi phục, doanh nghiệp nộp Mẫu 25/ĐKT trước ngày cơ quan thuế ra thông báo chấm dứt hiệu lực mã số thuế và hoàn thành nghĩa vụ thuế theo hướng dẫn của Thông tư 90.

5. Lịch trình tuân thủ thuế định kỳ cho năm tài chính đầu tiên

Sau khi nộp báo cáo tài chính kiểm toán và tờ khai quyết toán TNDN, không nợ thuế và không còn lỗ lũy kế của năm phát sinh lợi nhuận sau khi chuyển lỗ theo pháp luật thuế TNDN, doanh nghiệp FDI có thể chuyển lợi nhuận ra nước ngoài qua tài khoản vốn đầu tư nước ngoài (Điều 27 khoản 6 Nghị định 252).

Indochina Link Vietnam hỗ trợ dịch vụ tuân thủ thuế cho doanh nghiệp mới, từ thiết lập ban đầu đến tờ khai quý đầu tiên; liên hệ chúng tôi để được tư vấn.