Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 (có hiệu lực từ 01/07/2026, thay thế Luật số 38/2019/QH14) là khung pháp lý điều chỉnh toàn bộ vòng đời nghĩa vụ thuế tại Việt Nam: từ đăng ký mã số thuế, kê khai, nộp thuế, đến thanh tra, kiểm tra và cưỡng chế thi hành. Trong hệ thống thuế doanh nghiệp Việt Nam, các nghĩa vụ gồm thuế TNDN, thuế GTGT, thuế TNCN và thuế nhà thầu FCT đều vận hành theo cùng quy chế này.
Việc kiểm tra có quyết định trước 01/07/2026 tiếp tục thực hiện theo Luật cũ; khoản nợ thuế phát sinh đến hết 30/06/2026 xử lý theo Luật mới.
1. Đăng ký thuế và cập nhật thông tin doanh nghiệp
1.1. Đăng ký thuế ban đầu cho doanh nghiệp FDI mới thành lập
Khi hoàn tất thủ tục thành lập doanh nghiệp FDI, mã số thuế (MST) được cấp đồng thời với mã số doanh nghiệp qua cơ chế liên thông một cửa, không cần nộp hồ sơ đăng ký thuế riêng.
MST gồm 10 chữ số đối với pháp nhân độc lập, hoặc 13 chữ số đối với chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh. MST có giá trị suốt quá trình hoạt động và chấm dứt khi doanh nghiệp giải thể, phá sản hoặc thuộc các trường hợp khác theo Thông tư 90/2026/TT-BTC (thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, chia, sáp nhập, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký).
MST được cấp cùng ERC nên không có thời hạn 10 ngày riêng cho đăng ký thuế. Sau ERC, doanh nghiệp FDI hoàn thành các thủ tục đăng ký khai thuế ban đầu, gồm 6 bước:
- Mở tài khoản ngân hàng: Mở tài khoản vốn đầu tư nước ngoài (trước đây là DICA) và tài khoản thanh toán VND, đăng ký thông tin tài khoản qua Cổng thông tin đăng ký doanh nghiệp quốc gia.
- Trang bị chữ ký số (Token/HSM): Mua chứng thư số để ký số tờ khai thuế và hóa đơn điện tử.
- Kích hoạt tài khoản thuế điện tử (eTax): Đăng ký tài khoản tại thuedientu.gdt.gov.vn và tích hợp định danh doanh nghiệp.
- Xác định phương pháp tính thuế GTGT: Áp dụng phương pháp khấu trừ khi đáp ứng điều kiện về sổ sách, hóa đơn theo Luật Thuế GTGT và nộp tờ khai Mẫu 01/GTGT từng kỳ. Mua hàng từ 5 triệu đồng trở lên cần thanh toán không dùng tiền mặt để giữ quyền khấu trừ (xem quy tắc thanh toán không dùng tiền mặt); dịch vụ hoàn thuế xử lý hồ sơ hoàn.
- Bổ nhiệm kế toán trưởng: Chỉ định kế toán trưởng hoặc người phụ trách kế toán đạt chuẩn theo Luật Kế toán 88/2015/QH13.
- Đăng ký hóa đơn điện tử: Nộp tờ khai Mẫu 01/ĐKTĐ-HĐĐT để sử dụng hóa đơn điện tử trước khi bán hàng hóa, dịch vụ.
1.2. Bổ sung, điều chỉnh thông tin đăng ký thuế
Khi thay đổi thông tin đăng ký kinh doanh (địa chỉ, đại diện pháp luật, thành viên góp vốn, vốn điều lệ, ngành nghề), doanh nghiệp làm thủ tục qua cơ chế một cửa liên thông; dữ liệu chuyển tự động sang cơ quan thuế. Đổi trụ sở sang tỉnh, thành phố khác làm thay đổi cơ quan thuế quản lý thì phải hoàn tất thủ tục chuyển cơ quan thuế trước khi đăng ký đổi địa chỉ (Thông tư 90).
Người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế (như nhà thầu nước ngoài nộp thuế trực tiếp) thông báo thay đổi trong 10 ngày làm việc kể từ ngày phát sinh (Điều 6 Nghị định 252; Mẫu 08-MST). Chậm thông báo bị phạt từ 500.000 đến 7.000.000 đồng theo Điều 11 Nghị định 125.
1.3. Tạm ngừng kinh doanh và chấm dứt hiệu lực mã số thuế
Doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh thông báo cho cơ quan đăng ký kinh doanh; cơ quan này gửi văn bản cho cơ quan thuế quản lý trong 03 ngày làm việc kể từ ngày ban hành. Người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp thì thông báo cho cơ quan thuế chậm nhất 01 ngày làm việc trước ngày tạm ngừng, mỗi lần không quá 12 tháng. Trong thời gian tạm ngừng:
- Miễn tờ khai định kỳ: Không phải nộp tờ khai GTGT, TNDN, TNCN cho kỳ tính thuế nằm trọn trong thời gian tạm ngừng.
- Duy trì nghĩa vụ nợ: Không xóa nợ thuế, tiền phạt hoặc tiền chậm nộp đã phát sinh.
- Quyết toán năm: Tạm ngừng không trọn năm tài chính thì vẫn phải nộp BCTC và quyết toán thuế năm cho các tháng hoạt động.
Khi giải thể, doanh nghiệp phải qua bước kiểm tra quyết toán thuế. MST chỉ được chấm dứt khi doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ về hóa đơn, nộp hồ sơ khai thuế và nộp thuế, kể cả xử lý tiền nộp thừa và thuế GTGT chưa được khấu trừ. MST đã chấm dứt không được cấp lại cho người nộp thuế khác (Thông tư 90).
2. Kê khai và nộp thuế định kỳ
2.1. Lịch kê khai thuế định kỳ và thời hạn nộp thuế
Cơ chế quản lý thuế vận hành theo nguyên tắc tự khai, tự tính, tự chịu trách nhiệm. Thời hạn nộp tiền thuế trùng thời hạn nộp hồ sơ khai thuế:
| Sắc thuế / Nghĩa vụ | Kỳ tính thuế | Hạn nộp tờ khai và nộp thuế | Mẫu tờ khai |
|---|---|---|---|
| Thuế GTGT (tháng) | Tháng | Ngày 20 của tháng tiếp theo | Mẫu 01/GTGT |
| Thuế GTGT (quý) | Quý | Ngày cuối cùng tháng đầu quý tiếp theo | Mẫu 01/GTGT |
| Tạm nộp thuế TNDN | Quý | Ngày cuối cùng tháng đầu quý sau (4 quý ≥ 80% cả năm) | Chứng từ nộp thuế điện tử |
| Quyết toán thuế TNDN năm | Năm | Ngày cuối cùng tháng thứ 3 sau năm tài chính | Mẫu 03/TNDN + BCTC kiểm toán |
| Thuế TNCN khấu trừ từ tiền lương, tiền công | Quý | Ngày cuối cùng tháng đầu quý tiếp theo (không còn khai tháng) | Mẫu 05/KK-TNCN |
| Quyết toán thuế TNCN năm | Năm | Ngày cuối cùng tháng thứ 3 sau kỳ quyết toán (tổ chức trả thu nhập); tháng thứ 4 sau năm dương lịch (cá nhân tự quyết toán) | Mẫu 05/QTT-TNCN |
| Thuế nhà thầu nước ngoài FCT | Từng lần phát sinh | Ngày thứ 10 kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ thuế; đăng ký khai theo tháng thì ngày 20 tháng sau | Mẫu 01/NTNN (phương pháp trực tiếp) |
Doanh nghiệp kê khai điện tử qua thuedientu.gdt.gov.vn bằng chữ ký số. Giao dịch điện tử là mặc định theo Nghị định 252; nộp giấy chỉ dành cho nhóm đối tượng có hoàn cảnh đặc biệt không thể giao dịch điện tử.
Kỳ không phát sinh doanh thu, chi phí vẫn phải nộp tờ khai trắng (giá trị bằng 0), trừ các trường hợp được miễn tại Điều 11 Nghị định 252.
2.2. Kê khai bổ sung và cơ chế miễn phạt khai sai
Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung trong 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ kỳ có sai sót (Điều 12 Luật Quản lý thuế; Luật cũ là 10 năm). Các mốc cần nhớ:
- Thời điểm an toàn: Nộp bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở.
- Miễn phạt khai sai 20%: Doanh nghiệp tự giác khai bổ sung làm tăng thuế phải nộp, nộp đủ thuế thiếu và tiền chậm nộp (0,03%/ngày) trước thời điểm công bố quyết định thì không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo điểm a khoản 2 Điều 44 Luật Quản lý thuế và khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP).
- Thời điểm cắt quyền: Sau khi công bố quyết định tại trụ sở, người nộp thuế không còn quyền khai bổ sung cho các kỳ thuộc phạm vi kiểm tra. Sai sót do đoàn kiểm tra phát hiện có thể bị phạt 20% số thuế khai thiếu, hoặc từ 1 đến 3 lần số thuế trốn tùy hành vi (Điều 44 Luật Quản lý thuế), kèm tiền chậm nộp.
2.3. Nghĩa vụ nộp thuế và công thức tính tiền chậm nộp
Tiền thuế nộp qua tài khoản ngân hàng, Kho bạc Nhà nước hoặc dịch vụ eTax. Ngày nộp thuế là ngày ngân hàng hoặc Kho bạc trích tiền thành công.
Chậm nộp tiền thuế so với hạn định, người nộp thuế phải nộp tiền chậm nộp 0,03%/ngày theo Luật Quản lý thuế:
Ví dụ: nợ 1.000.000.000 đồng thuế TNDN quá hạn 60 ngày thì tiền chậm nộp là 18.000.000 đồng.
Doanh nghiệp gặp sự kiện bất khả kháng có thể được gia hạn nộp thuế 02 năm kể từ ngày xảy ra sự kiện nếu bị thiệt hại vật chất ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất, kinh doanh, và không bị tính tiền chậm nộp trong thời gian gia hạn (Điều 25 Nghị định 252).
3. Hạ tầng hóa đơn điện tử bắt buộc
Doanh nghiệp không ghi nhận được chi phí được trừ khi tính thuế TNDN và không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu thiếu hóa đơn hợp lệ. Cơ quan thuế đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử với tờ khai để quản lý rủi ro.
Từ 01/07/2026, Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC thay Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP:
- Chuẩn dữ liệu XML thống nhất: Hóa đơn tuân thủ cấu trúc XML của cơ quan thuế, gồm chữ ký số người bán, thông tin người mua, chi tiết hàng hóa, thuế suất và mã xác thực cơ quan thuế (hóa đơn có mã).
- Hóa đơn từ máy tính tiền: Cơ sở bán lẻ, ăn uống, lưu trú bán trực tiếp cho người tiêu dùng kết nối dữ liệu điện tử với cơ quan thuế, gửi dữ liệu cuối ngày theo Nghị định 254. Đơn vị đã đăng ký hóa đơn điện tử có mã hoặc không có mã không phải đăng ký riêng.
- Thời điểm lập hóa đơn: Hàng hóa lập khi chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng; dịch vụ lập khi hoàn thành, nhưng nếu thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp thì lập tại thời điểm thu tiền, trừ tiền đặt cọc. Lập sai thời điểm bị phạt theo Nghị định 125.
- Lưu trữ tệp XML gốc: Lưu hóa đơn đủ thời hạn theo pháp luật kế toán, giữ nguyên tệp XML gốc kèm chữ ký số.
Xem chi tiết: Hóa đơn điện tử cho doanh nghiệp FDI: Quy định và tuân thủ.
4. Thanh tra, kiểm tra và cưỡng chế thi hành nghĩa vụ thuế
4.1. Phân biệt kiểm tra thuế và thanh tra thuế
| Tiêu chí | Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế | Thanh tra thuế tại doanh nghiệp |
|---|---|---|
| Căn cứ pháp lý | Luật Quản lý thuế | Luật Thanh tra (Luật Quản lý thuế mới không còn quy định riêng về thanh tra thuế) |
| Căn cứ kích hoạt | Rủi ro tờ khai, nghi vấn hoàn thuế, phân tích dữ liệu; tập trung vào sắc thuế hoặc chuyên đề, niên độ cụ thể | Kế hoạch thanh tra định kỳ hoặc có dấu hiệu vi phạm rõ ràng; phạm vi rộng hơn, nhiều sắc thuế trong nhiều năm tài chính |
| Thời hạn làm việc | Tại cơ quan thuế: người nộp thuế giải trình trong 10 ngày làm việc sau mỗi thông báo, cơ quan thuế gửi tối đa 02 lần. Tại trụ sở người nộp thuế: tối đa 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định (không gồm thời gian tạm dừng), gia hạn 1 lần không quá 20 ngày; có giao dịch liên kết là 40 ngày và 40 ngày | Theo Luật Thanh tra 84/2025/QH15: thanh tra tỉnh tối đa 45 ngày (gia hạn thêm 25 ngày), Thanh tra Chính phủ 60 ngày (gia hạn tối đa hai lần) |
| Quy trình thông báo | Gửi quyết định trong 3 ngày làm việc kể từ ngày ký, công bố trong 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành | Theo Luật Thanh tra |
| Cấp thẩm quyền | Thuế cơ sở hoặc Thuế tỉnh, thành phố quản lý trực tiếp | Cơ quan thanh tra có thẩm quyền theo Luật Thanh tra (cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang) |
4.2. Dấu hiệu kích hoạt thanh tra thuế chuyên sâu
Theo kinh nghiệm của ICLV, các dấu hiệu sau thường đưa doanh nghiệp FDI vào diện kiểm tra:
- Lỗ liên tục nhưng mở rộng quy mô: Lỗ lũy kế nhiều năm liên tiếp nhưng vốn điều lệ, tài sản cố định và doanh thu liên tục tăng.
- Giao dịch liên kết lớn: Tỷ trọng cao về phí quản lý, bản quyền, lãi vay hoặc mua nguyên vật liệu bất thường so với giá độc lập (xem giao dịch liên kết).
- Hoàn thuế GTGT rủi ro: Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư hoặc xuất khẩu có tỷ trọng hóa đơn đầu vào từ nhà cung ứng giải thể, ngưng hoạt động hoặc đổi địa chỉ liên tục.
- Không hạch toán riêng ưu đãi: Hưởng ưu đãi thuế TNDN nhưng không tách thu nhập ưu đãi khỏi thu nhập thông thường.
- Chênh lệch hóa đơn và dòng tiền: Doanh thu hóa đơn điện tử vênh lớn so với dòng tiền vào tài khoản ngân hàng đã đăng ký với cơ quan thuế.
4.3. Khung xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP
Chế tài áp dụng theo Luật Quản lý thuế và Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, tiếp tục có hiệu lực theo Điều 74 Nghị định 252). Mức dưới đây là mức đối với tổ chức; cá nhân và hộ kinh doanh bằng một nửa với khung chậm nộp hồ sơ.
Chậm nộp hồ sơ khai thuế (Điều 13 Nghị định 125):
- Đến 90 ngày: Cảnh cáo (chậm 01 đến 05 ngày có tình tiết giảm nhẹ), hoặc phạt từ 2 đến 5 triệu đồng (01 đến 30 ngày), 5 đến 8 triệu đồng (31 đến 60 ngày), 8 đến 15 triệu đồng (61 đến 90 ngày).
- Trên 90 ngày, không phát sinh thuế phải nộp: Phạt từ 8 đến 15 triệu đồng.
- Trên 90 ngày, có phát sinh thuế phải nộp: Phạt từ 15 đến 25 triệu đồng nếu đã nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp trước khi công bố quyết định kiểm tra, thanh tra hoặc lập biên bản. Chưa nộp đủ trước mốc đó thì bị xử lý như trốn thuế.
Các hành vi khác:
| Hành vi vi phạm | Khung tiền phạt | Căn cứ |
|---|---|---|
| Khai sai dẫn đến thiếu thuế | 20% số thuế khai thiếu, cộng tiền chậm nộp 0,03%/ngày | Luật Quản lý thuế |
| Trốn thuế, gian lận thuế (kể cả nộp tờ khai quá 90 ngày làm thiếu thuế) | Từ 1 đến 3 lần số thuế trốn | Luật Quản lý thuế |
| Vi phạm thời điểm lập hóa đơn | Theo số hóa đơn: 500.000 đến 70.000.000 đồng | Nghị định 125, Điều 24 |
| Không lập hóa đơn khi bán hàng | Theo số hóa đơn: 1.000.000 đến 80.000.000 đồng | Nghị định 125, Điều 24 |
Thời hiệu xử phạt vi phạm thủ tục thuế là 2 năm; khai sai thiếu thuế và trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự là 5 năm (Điều 44 Luật Quản lý thuế). Quá thời hiệu, doanh nghiệp không bị phạt nhưng vẫn phải nộp đủ thuế thiếu, thuế trốn và tiền chậm nộp trong 10 năm trở về trước kể từ ngày phát hiện. Người nộp thuế không đăng ký thuế phải nộp thuế cho toàn bộ thời gian chưa nộp.
4.4. Tám biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế
Khi nợ thuế quá 90 ngày kể từ hạn nộp hoặc thuộc các trường hợp khác theo Luật Quản lý thuế (như hết thời hạn gia hạn mà còn nợ, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký), cơ quan thuế có thể áp dụng:
- Trích tiền, phong tỏa tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp để nộp vào Kho bạc.
- Khấu trừ một phần tiền lương hoặc thu nhập của cá nhân nộp thuế có thu nhập cố định.
- Dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng xuất nhập khẩu của doanh nghiệp nợ thuế.
- Ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, khóa quyền phát hành hóa đơn.
- Kê biên và bán đấu giá tài sản của doanh nghiệp.
- Thu tiền, tài sản do bên thứ ba nắm giữ, như khoản phải thu từ khách hàng.
- Thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, dẫn đến giải thể bắt buộc.
- Nộp đơn yêu cầu mở thủ tục phá sản đối với người nộp thuế còn nợ.
4.5. Tạm hoãn xuất cảnh đối với người đại diện pháp luật nợ thuế
- Căn cứ: Điều 28 Nghị định 252, kết hợp Luật Xuất cảnh, nhập cảnh của công dân Việt Nam 49/2019/QH14 và Luật Nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh, cư trú của người nước ngoài tại Việt Nam 47/2014/QH13.
- Đối tượng: Người đại diện pháp luật hoặc chủ sở hữu hưởng lợi (UBO) của doanh nghiệp đang bị cưỡng chế thuế, nợ từ 500 triệu đồng trở lên và quá hạn từ 120 ngày trở lên theo Nghị định 252.
- Bỏ địa chỉ kinh doanh: Doanh nghiệp không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký bị tạm hoãn xuất cảnh khi sau 120 ngày kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo mà chưa khôi phục hoặc chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
- Thông báo và hủy bỏ: Với doanh nghiệp và hộ kinh doanh, cơ quan thuế thông báo qua eTax trước 30 ngày khi gửi văn bản đến Cục Quản lý xuất nhập cảnh. Với người đại diện, chủ sở hữu hưởng lợi của doanh nghiệp, biện pháp được hủy ngay khi số thuế nợ còn lại dưới 500 triệu đồng hoặc được xóa nợ; riêng doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký thì chỉ được hủy sau khi khôi phục mã số thuế, nộp đủ hồ sơ khai còn thiếu và số nợ dưới ngưỡng. Với người nước ngoài, biện pháp được hủy khi đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
4.6. Quyền hợp pháp của doanh nghiệp khi thanh tra, kiểm tra thuế
- Yêu cầu giải trình căn cứ pháp lý: Yêu cầu đoàn kiểm tra, thanh tra làm rõ căn cứ khi loại trừ chi phí hoặc ấn định thuế.
- Từ chối cung cấp thông tin ngoài phạm vi: Từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra, trừ khi luật khác có quy định (điểm r khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15).
- Khiếu nại và khởi kiện hành chính: Khiếu nại trong 90 ngày kể từ ngày nhận quyết định (Luật Khiếu nại), hoặc khởi kiện ra Tòa án Hành chính.
Indochina Link Vietnam cung cấp dịch vụ tư vấn thuế cho doanh nghiệp FDI: kê khai thuế định kỳ hàng tháng và quý, lập báo cáo quyết toán thuế năm, soát xét hồ sơ trước thanh tra thuế và đại diện bảo vệ quyền lợi doanh nghiệp. Liên hệ với chúng tôi để được tư vấn chuyên sâu.
Xem thêm: Thuế thu nhập doanh nghiệp (CIT) | Thuế giá trị gia tăng (VAT) | Thuế thu nhập cá nhân (PIT)
Căn cứ Luật 108/2025/QH15 (thay thế Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 từ 01/07/2026), Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Nghị định 254/2026/NĐ-CP, Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP), Thông tư 89/2026/TT-BTC và Thông tư 90/2026/TT-BTC. Doanh nghiệp nên tham vấn chuyên gia trước khi thực hiện.
