So sánh Thông tư 99/2025 và Thông tư 200/2014: Những thay đổi cốt lõi & Cẩm nang tuân thủ FDI

Thông tư 99/2025/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành ngày 27/10/2025, có hiệu lực từ 01/01/2026, thay thế Thông tư 200/2014/TT-BTC về chế độ kế toán doanh nghiệp. Thông tư tiệm cận Chuẩn mực Báo cáo Tài chính Quốc tế (IFRS) ở thuật ngữ trình bày nhưng vẫn giữ cơ sở giá gốc. Doanh nghiệp FDI thông thường tiếp tục áp dụng VAS, như phân tích trong bài so sánh VAS và IFRS. Thành viên Trung tâm tài chính quốc tế được áp dụng IFRS tự nguyện theo Thông tư 118/2026/TT-BTC (có hiệu lực từ 01/01/2027).

Với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI), Thông tư 99 thay đổi chế độ kế toán doanh nghiệp ở ba điểm. Doanh nghiệp được sửa đổi, bổ sung tài khoản trên phần mềm ERP (như SAP, Oracle, NetSuite) kèm quy chế nội bộ. Thuế tối thiểu toàn cầu (Pillar Two) có tài khoản riêng. Trụ sở chính tổng hợp số liệu với đơn vị trực thuộc và loại trừ giao dịch nội bộ. Bài này nêu thông tư áp dụng cho ai và doanh nghiệp phải làm gì khi khóa sổ năm 2026; bảng đối chiếu từng tài khoản nằm ở Phần 2.

1. Thông tư 99 áp dụng cho ai

Doanh nghiệp thuộc mọi lĩnh vực và hình thức sở hữu lập báo cáo tài chính năm đầy đủ theo Thông tư 99. Chế độ nào áp dụng tùy theo năm tài chính và quy mô doanh nghiệp (Điều 31):

Doanh nghiệp nhỏ và vừa đổi chế độ thì trình bày lại số liệu so sánh như thay đổi chính sách kế toán, kèm lý do và ảnh hưởng trong thuyết minh. Thông tư 99 không thay thế Thông tư 133.

2. Chuẩn hóa thuật ngữ và phạm vi lập báo cáo

Thông tư 99 chuẩn hóa thuật ngữ kế toán để tương thích với các chuẩn mực quốc tế:

• Đổi tên biểu mẫu cốt lõi: “Bảng cân đối kế toán” được đổi tên thành “Báo cáo tình hình tài chính” (Statement of Financial Position). Việc đổi tên đi kèm cơ cấu lại các chỉ tiêu tài sản, nợ phải trả theo nguyên tắc bản chất quan trọng hơn hình thức.
• Tổng hợp báo cáo trụ sở chính và đơn vị trực thuộc: Doanh nghiệp có đơn vị trực thuộc tổng hợp thông tin tài chính của trụ sở chính và các đơn vị trực thuộc vào BCTC của doanh nghiệp, loại trừ mọi giao dịch nội bộ giữa trụ sở chính với đơn vị trực thuộc hoặc giữa các đơn vị trực thuộc với nhau. Hợp nhất công ty mẹ - công ty con thực hiện theo pháp luật về BCTC hợp nhất.

Khi tổng hợp, doanh nghiệp loại trừ toàn bộ số dư và giao dịch nội bộ: doanh thu nội bộ (TK 511) với giá vốn nội bộ (TK 632), phải thu nội bộ (TK 136) với phải trả nội bộ (TK 336). Lãi chưa thực hiện trong hàng tồn kho luân chuyển nội bộ cũng được loại trừ vào cuối kỳ. Tập đoàn FDI có nhiều nhà máy hoặc địa điểm nên đối chiếu số dư nội bộ hằng tháng và lưu chứng từ cho từng bút toán loại trừ.

3. Đồng tiền ghi sổ và tỷ giá hối đoái

Thông tư 99 đặt tiêu chí chọn đơn vị tiền tệ kế toán và quy tắc tỷ giá ghi sổ (TK 413):

• Điều kiện dùng ngoại tệ làm đồng tiền kế toán: Doanh nghiệp FDI chỉ được chọn một ngoại tệ (như USD, EUR, JPY) làm đồng tiền ghi sổ khi đáp ứng tiêu chí tại Điều 4: ngoại tệ đó là đơn vị tiền tệ chủ yếu trong các giao dịch bán hàng, cung cấp dịch vụ, và chi phối phần lớn chi phí nguyên vật liệu, nhân công. BCTC nộp cho cơ quan có thẩm quyền tại Việt Nam vẫn trình bày bằng VND.
• Thay đổi đơn vị tiền tệ: Doanh nghiệp không được đổi đồng tiền kế toán giữa niên độ. Việc đổi chỉ thực hiện khi mô hình kinh doanh biến động lớn, trọng yếu và chỉ áp dụng từ ngày đầu tiên của năm tài chính mới.
• Tỷ giá giao dịch: Doanh nghiệp được chọn tỷ giá mua bán chuyển khoản trung bình tại ngày giao dịch, hoặc tỷ giá xấp xỉ chênh lệch không quá +/-1% so với mức trung bình đó (hướng dẫn TK 413), và áp dụng nhất quán trong kỳ kế toán.
• Đánh giá lại cuối kỳ: Số dư các khoản mục tiền tệ có gốc ngoại tệ được đánh giá lại theo tỷ giá mua bán chuyển khoản trung bình của ngân hàng thương mại nơi doanh nghiệp thường xuyên giao dịch tại thời điểm kết thúc kỳ kế toán. Tiền gửi không kỳ hạn dùng ngân hàng nơi mở tài khoản (hướng dẫn 1.5.1 TK 413).
• Chênh lệch khi chuyển đổi BCTC sang VND: Chênh lệch tỷ giá phát sinh khi chuyển đổi BCTC lập bằng ngoại tệ sang VND là ngoại lệ, được ghi vào chỉ tiêu “Chênh lệch tỷ giá hối đoái” thuộc vốn chủ sở hữu (Điều 6.3.b).

4. Hệ thống tài khoản kế toán và quyền tự chủ của doanh nghiệp

Doanh nghiệp được tự chủ thiết kế hệ thống tài khoản chi tiết, kèm trách nhiệm ban hành quy chế nội bộ:

• Sửa đổi, bổ sung tài khoản: Theo Điều 11.2, doanh nghiệp được sửa đổi, bổ sung tên, số hiệu, kết cấu và nội dung phản ánh của tài khoản để phục vụ quản trị nội bộ, miễn không làm thay đổi các chỉ tiêu, thông tin trình bày trên BCTC. Doanh nghiệp ban hành Quy chế hạch toán kế toán (hoặc tài liệu tương đương) theo cùng điều này.
• Tài khoản mới theo chuẩn mực quốc tế:
  • TK 215 (Tài sản sinh học): hạch toán động vật nuôi và cây trồng theo mùa vụ hoặc lấy sản phẩm một lần, theo giá gốc trừ hao mòn lũy kế và dự phòng tổn thất.
  • TK 82112 (Chi phí thuế TNDN bổ sung theo quy định về thuế tối thiểu toàn cầu, Pillar Two): phản ánh nghĩa vụ thuế tối thiểu toàn cầu theo cơ chế QDMTT và IIR.
  • TK 332 (Phải trả cổ tức, lợi nhuận): tách nghĩa vụ chia lợi nhuận khỏi các khoản phải trả, phải nộp khác (TK 338).
• Bỏ TK 611 và TK 631: hai tài khoản này không còn trong danh mục tài khoản của Thông tư 99 (Phụ lục II).

5. Nguyên tắc kế toán tài sản và hàng tồn kho

Nguyên tắc ghi nhận và đánh giá tài sản theo hướng thận trọng và hội nhập:

• Khấu hao tài sản cố định: Doanh nghiệp rà soát định kỳ thời gian và phương pháp khấu hao. Khi mô hình sử dụng tài sản thay đổi đáng kể, việc điều chỉnh thời gian khấu hao là thay đổi ước tính kế toán, theo VAS 29.
• Dự phòng giảm giá hàng tồn kho: Dự phòng căn cứ vào giá trị thuần có thể thực hiện được (NRV) tại thời điểm lập BCTC. Chi phí sản xuất chung cố định không phân bổ do công suất thấp hơn mức bình thường và hao hụt ngoài định mức không được vốn hóa vào giá trị tồn kho mà kết chuyển thẳng vào giá vốn hàng bán trong kỳ.
• Tài sản vô hình tự tạo: Chi phí nghiên cứu ghi nhận vào chi phí trong kỳ. Chỉ chi phí triển khai thỏa mãn đầy đủ các điều kiện mới được vốn hóa thành tài sản cố định vô hình.

6. Cổ phiếu ưu đãi hoàn lại và nghĩa vụ nợ phải trả

Thông tư 99 xét bản chất kinh tế của công cụ vốn. Thông tư 200 đã xếp cổ phiếu ưu đãi mà bên phát hành bắt buộc mua lại tại một thời điểm xác định trong tương lai là nợ phải trả. Thông tư 99 thêm hai tiêu chí: cổ tức cố định không phụ thuộc kết quả kinh doanh, và chuyển đổi theo giá thị trường. Điều kiện mua lại bắt buộc cũng mở rộng sang trường hợp thỏa điều kiện cụ thể mà bên phát hành không thể từ chối.

Cổ phiếu thỏa một trong các tiêu chí này là Nợ phải trả trên Báo cáo tình hình tài chính, vẫn theo dõi chi tiết tại TK 41112 và tách ngắn hạn, dài hạn theo kỳ hạn mua lại. Quy định này tác động đến cấu trúc vốn mạo hiểm, vốn cổ phần tư nhân (PE) và thỏa thuận phát hành cổ phần ưu đãi chuyển đổi tại doanh nghiệp FDI. Công ty mẹ nước ngoài dùng vốn mezzanine nên rà lại điều khoản điều lệ để tỷ lệ nợ trên vốn trong hợp đồng vay ngân hàng không bị lệch.

7. Doanh nghiệp không đáp ứng giả định hoạt động liên tục

Thông tư 99 có khung kế toán riêng cho doanh nghiệp dự kiến giải thể, phá sản, ngừng sản xuất kinh doanh hoặc thu hẹp đáng kể quy mô trong vòng 12 tháng kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán (Điều 24.1). Chuyển đổi loại hình, chia, tách, hợp nhất, sáp nhập vẫn được coi là hoạt động liên tục:

• Đánh giá lại toàn diện: Doanh nghiệp không đáp ứng giả định hoạt động liên tục (DNKLT) không áp dụng nguyên tắc giá gốc. Tài sản và nợ phải trả được đánh giá lại theo từng loại tại thời điểm kết thúc kỳ kế toán. Hàng tồn kho tính theo giá thấp hơn giữa giá gốc và giá trị thuần có thể thực hiện được, TSCĐ theo giá thấp hơn giữa giá trị còn lại và giá trị có thể thu hồi, chứng khoán kinh doanh theo giá trị hợp lý (Điều 24.6). Các khoản lỗ dự kiến tương đối chắc chắn và ước tính được một cách đáng tin cậy phải được trích trước.
• Biểu mẫu và thuyết minh: Chỉ Báo cáo tình hình tài chính (Mẫu B01-DNKLT) và Bản thuyết minh BCTC (Mẫu B09-DNKLT) dùng mẫu riêng. Bản thuyết minh nêu số tiền có khả năng thu hồi, khả năng thanh toán nợ phải trả theo thứ tự ưu tiên (Ngân sách Nhà nước, người lao động, nợ vay, nhà cung cấp) và thời gian thanh toán (Điều 24.3 và 24.9).

8. Danh mục kiểm tra khóa sổ năm 2026

Doanh nghiệp FDI có năm tài chính theo năm dương lịch lập BCTC năm 2026 lần đầu theo Thông tư 99. Nên làm theo thứ tự sau:

1. Chốt chế độ kế toán. Doanh nghiệp có năm tài chính lệch năm dương lịch chuyển sang Thông tư 99 từ năm tài chính đầu tiên bắt đầu từ hoặc sau 01/01/2026. Doanh nghiệp nhỏ và vừa quyết định giữa Thông tư 133 và Thông tư 99 ngay từ bây giờ, vì lựa chọn này ràng buộc tối thiểu một kỳ kế toán năm.
2. Chuyển số dư đầu kỳ. Điều 29.1 quy định các bước chuyển cụ thể: cổ tức, lợi nhuận phải trả tại TK 338 sang TK 332; khoản góp vào hợp đồng hợp tác kinh doanh không đồng kiểm soát từ TK 138 sang TK 2281; chi phí nâng cấp dở dang từ TK 2413 sang TK 2414; số dư TK 441, TK 466 sang TK 4118.
3. Áp dụng và thuyết minh phương pháp chuyển đổi. Điều 30 quy định phương pháp hồi tố hoặc phi hồi tố, và việc kết chuyển số dư TK 412 sang lợi nhuận sau thuế chưa phân phối (TK 4211) khi đổi đơn vị tiền tệ kế toán. Doanh nghiệp đang trích trước sửa chữa lớn TSCĐ mà chưa thực hiện thì không tiếp tục trích trước.
4. Cập nhật hệ thống và quy chế. Ban hành Quy chế hạch toán kế toán (hoặc tài liệu tương đương) cho các tài khoản được sửa đổi, bổ sung. Cấu hình lại phần mềm kế toán và ERP (SAP, Oracle, MISA) với mẫu Báo cáo tình hình tài chính mới và các TK 215, TK 82112, TK 332. Tập huấn kế toán về loại trừ giao dịch nội bộ và quy tắc tỷ giá.
5. Ghi tên đơn vị dịch vụ kế toán. Nếu doanh nghiệp thuê đơn vị dịch vụ kế toán lập BCTC hoặc làm kế toán trưởng, phần người lập và kế toán trưởng trên BCTC ghi số chứng chỉ hành nghề và tên đơn vị dịch vụ (Điều 16.4).
6. Nộp đúng hạn và thống nhất với kiểm toán. BCTC năm nộp trong 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính (Điều 25), cho các cơ quan theo pháp luật liên quan (cơ quan thuế, cơ quan thống kê, và Sở Tài chính nơi có yêu cầu), kèm báo cáo kiểm toán nếu doanh nghiệp thuộc diện bắt buộc kiểm toán (Điều 26). Yêu cầu kiểm toán bắt buộc cho doanh nghiệp FDI cho biết khi nào phải kiểm toán. Nên trao đổi sớm với đơn vị kiểm toán về bảng đối chiếu số dư trước kỳ kiểm toán chính thức, và xác nhận với cơ quan tiếp nhận địa phương về nơi nộp.

Chuẩn bị tốt giúp doanh nghiệp giữ tuân thủ và bảo đảm việc chuyển lợi nhuận ra nước ngoài không bị vướng. Doanh nghiệp cần hỗ trợ rà soát hệ thống tài khoản và thiết lập Quy chế hạch toán có thể tham khảo dịch vụ ghi sổ kế toán của ICLV.