Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 và Nghị định số 320/2025/NĐ-CP (Nghị định 320) đã đổi cách xác định địa bàn: khu công nghiệp thông thường không còn tự động được ưu đãi theo vị trí. Doanh nghiệp FDI nên chuyển trọng tâm sang công nghệ cao, chuỗi cung ứng hỗ trợ và phát triển bền vững để hưởng thuế suất 10% và gói 4 miễn 9 giảm.
Xác định sai điều kiện hoặc vi phạm nguyên tắc hạch toán riêng sẽ dẫn đến thu hồi số thuế ưu đãi kèm tiền chậm nộp 0,03%/ngày.
1. Bãi bỏ ưu đãi địa bàn khu công nghiệp và cơ chế chuyển tiếp bảo lưu
Loại bỏ ưu đãi đối với khu công nghiệp thông thường
Theo Luật Thuế TNDN và Nghị định 320, KCN thông thường không nằm trong danh mục địa bàn ưu đãi thuế TNDN. Dự án mới tại KCN thông thường áp dụng thuế suất phổ thông 20%, trừ hai trường hợp:
- Ngành nghề khuyến khích đầu tư: Ứng dụng công nghệ cao, phần mềm và sản phẩm công nghệ số trọng điểm, nghiên cứu phát triển chip bán dẫn, công nghiệp hỗ trợ ưu tiên hoặc năng lượng tái tạo, năng lượng sạch (thuế suất 10%; thép cao cấp, sản phẩm tiết kiệm năng lượng, sản xuất lắp ráp ô tô, thuế suất 17% trong 10 năm).
- KCN thuộc địa bàn khó khăn: Dự án nằm trong KCN thuộc xã có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn theo Nghị định 96/2026/NĐ-CP. Nghị định 96 (Điều 22.7.b) xếp KCN vào địa bàn ưu đãi đầu tư mức khó khăn, nhưng Luật Thuế TNDN (Điều 12.3) và Nghị định 320 không nêu KCN, và chưa có hướng dẫn xác nhận áp dụng cho TNDN. Doanh nghiệp nên xác nhận với cơ quan thuế trước khi dựa vào.
Điều khoản chuyển tiếp bảo lưu ưu đãi cho dự án hiện hữu
Điều 20 Luật Thuế TNDN quy định cơ chế chuyển tiếp:
- Dự án có IRC trước ngày 01/10/2025: Tiếp tục hưởng thuế suất ưu đãi và thời hạn miễn giảm thuế ghi trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC) cho thời gian ưu đãi còn lại.
- Quyền chuyển đổi chính sách mới: Nếu dự án đáp ứng tiêu chuẩn ưu đãi mới theo Luật Thuế TNDN và mức mới thuận lợi hơn, doanh nghiệp được quyền đăng ký chuyển đổi cho thời gian còn lại.
Vốn bổ sung hoặc mở rộng ngành nghề sau mốc hiệu lực được xét độc lập theo điều kiện mới.
2. Cấu trúc thuế suất ưu đãi và khung miễn giảm thuế TNDN
Ưu đãi thuế TNDN gồm thuế suất ưu đãi (theo thời hạn hoặc suốt đời dự án) và thời hạn miễn giảm thuế (miễn 100% và giảm 50%).
Các bậc thuế suất ưu đãi theo quy định mới
Luật Thuế TNDN và Nghị định 320 quy định các bậc thuế suất ưu đãi:
| Bậc thuế | Thời hạn | Điều kiện thụ hưởng |
|---|---|---|
| 10% | 15 năm | Địa bàn đặc biệt khó khăn, khu công nghệ cao, KKT nằm trên địa bàn khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn; ứng dụng công nghệ cao, phần mềm, năng lượng sạch, hạ tầng; doanh nghiệp công nghệ cao (quy tắc 25 năm từ 01/07/2026 nêu dưới bảng) |
| 10% | Suốt đời | Xã hội hóa giáo dục, y tế, văn hóa và môi trường |
| 15% | Suốt đời | Thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản ngoài địa bàn ưu đãi (địa bàn khó khăn, đặc biệt khó khăn hưởng 10%) |
| 17% | 10 năm | Địa bàn khó khăn; sản xuất thép cao cấp, thiết bị tiết kiệm năng lượng |
| 20% | Chuẩn | Thuế suất chung, trừ bậc 15%/17% theo doanh thu và các trường hợp riêng (dầu khí, tài nguyên quý hiếm, ưu đãi theo luật) |
Thuế suất 10% tính liên tục từ năm đầu tiên có doanh thu chịu thuế. Dự án đầu tư mới thuộc các ngành nêu tại khoản 2 Điều 12 (điểm a, b, d, đ) có vốn tối thiểu 6.000 tỷ đồng và ảnh hưởng lớn về kinh tế - xã hội có thể được Thủ tướng Chính phủ quyết định kéo dài thêm tối đa 15 năm (tổng 30 năm). Từ 01/07/2026, Luật 133/2025/QH15 áp dụng thuế suất 10% trong 25 năm cho doanh nghiệp công nghệ cao nhóm 1, doanh nghiệp công nghệ chiến lược và trung tâm nghiên cứu và phát triển công nghệ cao, công nghệ chiến lược; doanh nghiệp sản xuất sản phẩm công nghệ cao thuộc bậc 17% trong 10 năm. Giấy chứng nhận cấp theo Luật Công nghệ cao 2008 vẫn được hưởng ưu đãi đến hết thời hạn ghi trên giấy.
Khung thời gian miễn giảm thuế: Gói tiêu chuẩn và nâng cao
Doanh nghiệp đáp ứng tiêu chuẩn được áp dụng một trong hai khung miễn giảm:
- Gói nâng cao (4 năm miễn thuế, 9 năm giảm 50%): Cho dự án hưởng thuế suất 10% trong 15 năm.
- Gói tiêu chuẩn (2 năm miễn thuế, 4 năm giảm 50%): Cho dự án hưởng thuế suất 17% trong 10 năm hoặc dự án tại địa bàn kinh tế xã hội khó khăn.
Khuyến nghị thực thi: Phần lớn ưu đãi thuế TNDN do doanh nghiệp tự kê khai và tự chịu trách nhiệm trong kỳ quyết toán năm; riêng doanh nghiệp công nghệ cao, khoa học và công nghệ, dự án công nghiệp hỗ trợ cần giấy chứng nhận hoặc xác nhận theo Nghị định 320. Doanh nghiệp nên mở sổ theo dõi riêng doanh thu của dự án ưu đãi và dự án mở rộng, và theo dõi quy tắc năm thứ tư nêu ở mục 3 để giữ trọn thời hạn miễn thuế.
3. Thời điểm kích hoạt miễn giảm và quy tắc năm thứ tư
Nguyên tắc tính thời gian miễn giảm liên tục
Theo Luật Thuế TNDN, thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính liên tục kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới (doanh thu lớn hơn chi phí hợp lý được trừ, chưa bù trừ lỗ lũy kế).
Quy tắc năm thứ tư đối với dự án chưa có lợi nhuận
Nhằm ngăn ngừa hành vi kéo dài lỗ để trì hoãn ưu đãi, luật quy định: nếu không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ khi phát sinh doanh thu, thời gian miễn giảm thuế tính từ năm thứ tư.
Nếu vẫn lỗ trong năm thứ 4, thời gian miễn thuế vẫn bị tính vào hạn ngạch ưu đãi. Doanh nghiệp nên lưu hồ sơ chứng minh tính hợp lý của các khoản lỗ theo chế độ kế toán doanh nghiệp.
4. Ưu đãi đầu tư mở rộng và chính sách hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa
Nguyên tắc kế thừa và áp dụng ưu đãi dự án mở rộng
Cách xử lý dự án đầu tư mở rộng phụ thuộc vào tình trạng của dự án gốc:
- Dự án gốc còn trong kỳ ưu đãi: Phần thu nhập tăng thêm từ đầu tư mở rộng hưởng ưu đãi của dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại, không phải hạch toán riêng với thu nhập của dự án gốc.
- Dự án gốc đã hết kỳ ưu đãi: Phần thu nhập tăng thêm từ dự án mở rộng đáp ứng tiêu chí dự án mở rộng được miễn thuế, giảm thuế với thời gian tương đương dự án mới cùng ngành nghề, địa bàn, nhưng không hưởng thuế suất ưu đãi. Doanh nghiệp phải hạch toán riêng khoản thu nhập tăng thêm này.
Tiêu chí dự án mở rộng thuộc ngành, nghề hưởng ưu đãi: nguyên giá tài sản cố định tăng thêm tối thiểu 40 tỷ đồng (20 tỷ đồng tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn), tỷ trọng nguyên giá tài sản cố định tăng thêm tối thiểu 20%, hoặc công suất thiết kế tăng thêm tối thiểu 20%, xác định khi hoàn thành giải ngân vốn mở rộng đã đăng ký (khoản 6 Điều 20 Nghị định 320).
Miễn thuế 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký lần đầu
Nghị quyết 198/2025/QH15 miễn thuế TNDN 3 năm liên tục, từ kỳ 2025, kể từ năm doanh nghiệp nhỏ và vừa (DNNVV) được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Chính sách không áp dụng cho doanh nghiệp hình thành do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi, và doanh nghiệp có người đại diện hoặc người góp vốn lớn nhất đã giữ vai trò đó ở doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc giải thể chưa đủ 12 tháng (Nghị định 20/2026/NĐ-CP). Thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN, như chuyển nhượng vốn và bất động sản, nằm ngoài diện miễn. Khởi nghiệp sáng tạo có chính sách riêng trong cùng Nghị quyết, nên từng công ty con FDI cần được rà soát riêng.
Ngoài ra, doanh nghiệp thành lập theo pháp luật Việt Nam có tổng doanh thu năm từ 01 tỷ đồng trở xuống được miễn thuế TNDN từ 01/01/2026, trừ công ty con hoặc doanh nghiệp có quan hệ liên kết với doanh nghiệp không đủ điều kiện (Điều 3 Luật 09/2026/QH16; Nghị định 320, bổ sung bởi Nghị định 141/2026/NĐ-CP). Doanh nghiệp có doanh thu năm không quá 10 tỷ đồng còn được giảm 30% số thuế TNDN phải nộp của kỳ 2026 và 2027, tính trên số thuế còn lại sau khi trừ ưu đãi (Điều 1 khoản 2 Nghị quyết 43/2026/QH16).
5. Tác động của thuế tối thiểu toàn cầu và trần chi phí lãi vay
Theo Nghị quyết 107/2023/QH15 và Nghị định 236/2025/NĐ-CP, tập đoàn đa quốc gia có doanh thu hợp nhất từ 750 triệu EUR chịu thuế bổ sung nội địa (QDMTT) mức sàn 15%. Nếu ưu đãi kéo thuế suất thực tế (ETR) dưới 15%, doanh nghiệp nộp phần chênh lệch, làm trung hòa ưu đãi danh nghĩa (xem kê khai thuế tối thiểu toàn cầu). Luật Đầu tư 143/2025 (Điều 16) quy định Quỹ Hỗ trợ đầu tư do Chính phủ thành lập; quy định chi tiết về khoản hỗ trợ chưa ban hành, nên doanh nghiệp chưa nên tính trước khoản hỗ trợ cho R&D, năng lượng sạch hoặc đào tạo.
Doanh nghiệp hưởng ưu đãi có giao dịch liên kết vẫn chịu trần chi phí lãi vay thuần 30% EBITDA điều chỉnh và quy tắc quan hệ liên kết theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP từ kỳ 2026 (kỳ 2025 trở về trước theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 20/2025/NĐ-CP) (xem giao dịch liên kết). Lãi vay vượt trần bị loại khỏi chi phí được trừ ngay cả trong kỳ hưởng ưu đãi, nhưng được chuyển sang các kỳ sau tối đa 05 năm liên tục.
6. Rủi ro thanh tra thuế và chế tài thu hồi ưu đãi
Các sai phạm trọng yếu dẫn đến thu hồi ưu đãi
Cơ quan thuế tước ưu đãi và truy thu thuế khi phát hiện vi phạm:
- Không hạch toán riêng thu nhập ưu đãi: Không phân tách doanh thu và chi phí của dự án ưu đãi. Khi không tách riêng được, thu nhập ưu đãi được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí của hoạt động ưu đãi trên tổng doanh thu hoặc chi phí.
- Không duy trì tiêu chuẩn cam kết: Không đáp ứng các tiêu chí đã được xác nhận (doanh thu, chi R&D…) hoặc tiêu chuẩn môi trường đã cam kết.
- Thay đổi địa điểm không đăng ký: Di dời nhà xưởng ra ngoài địa bàn ưu đãi hoặc thay đổi ngành nghề mà không điều chỉnh IRC.
Khung xử phạt hành chính và tiền chậm nộp thuế
Hậu quả tài chính khi cơ quan thuế bác bỏ ưu đãi:
- Truy thu thuế chênh lệch: Truy thu số chênh lệch giữa mức phổ thông 20% và mức ưu đãi tạm tính trong các năm thanh tra.
- Phạt khai sai 20%: Phạt 20% trên số thuế khai thiếu khi sai sót chưa đến mức trốn thuế (Điều 44 Luật 108/2025/QH15; Nghị định 125/2020/NĐ-CP đối với hành vi trước 01/07/2026); hành vi trốn thuế bị phạt từ 1 đến 3 lần.
- Tiền chậm nộp 0,03%/ngày: Tính trên toàn bộ số thuế truy thu theo Luật Quản lý thuế.
Indochina Link Vietnam (ICLV) hỗ trợ doanh nghiệp FDI rà soát hồ sơ ưu đãi thuế TNDN, thiết lập hạch toán chi phí và giải trình trong các kỳ thanh tra thuế qua dịch vụ tư vấn thuế tuân thủ. Liên hệ ICLV để được tư vấn.
