Doanh nghiệp bán hàng qua sàn thương mại điện tử (TMĐT) tự xuất hóa đơn, tự kê khai thuế GTGT và thuế thu nhập doanh nghiệp. Sàn chỉ khấu trừ, nộp thay thuế cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và nhà cung cấp nước ngoài, theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ 01/07/2026.
Vậy phần việc của bạn là gì? Bạn lập hóa đơn điện tử cho từng giao dịch theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP, kê khai doanh thu trước khi trừ phí sàn, và xử lý đúng thuế đối với chi phí quảng cáo, dịch vụ mua từ nhà cung cấp nước ngoài.
Khung pháp lý và các nhóm chủ thể kinh doanh trực tuyến
Hoạt động kinh doanh trực tuyến chịu điều chỉnh bởi Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 và các nghị định hướng dẫn. Mỗi nhóm chủ thể có cách tính và nộp thuế khác nhau:
- Doanh nghiệp trong nước (Công ty TNHH, Công ty Cổ phần, kể cả doanh nghiệp FDI): Kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, tạm nộp thuế TNDN hàng quý. Sàn không khấu trừ thuế tự động cho nhóm này. Bạn tự hạch toán, xuất hóa đơn đầu ra và lập tờ khai quyết toán năm.
- Hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh trực tuyến áp dụng cơ chế quản lý thuế riêng, trong đó sàn thương mại điện tử khấu trừ, nộp thay thuế cho từng giao dịch. Bài viết này chỉ đề cập nghĩa vụ của doanh nghiệp.
- Nhà cung cấp nước ngoài (Google, Meta, TikTok, Netflix…): Đăng ký, kê khai và nộp thuế qua Hệ thống thông tin quản lý thuế đối với doanh thu phát sinh tại Việt Nam chưa được bên Việt Nam hoặc chủ quản nền tảng khấu trừ, nộp thay.
Cơ chế sàn khấu trừ nộp thay theo Nghị định 252
Chủ quản nền tảng có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán khấu trừ, khai thay và nộp thay thuế GTGT, TNCN cho từng giao dịch của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh. Với nhà cung cấp nước ngoài kinh doanh trên nền tảng, sàn khấu trừ, nộp thay thuế GTGT và TNDN (Điều 43 Nghị định 252).
Doanh nghiệp trong nước mở gian hàng, kể cả gian hàng chính hãng trên Shopee Mall, LazMall, TikTok Shop Mall, không thuộc diện này. Sàn chuyển tiền bán hàng sau khi trừ phí dịch vụ, còn doanh nghiệp tự xuất hóa đơn, tự kê khai và nộp thuế.
Sàn thuộc diện khấu trừ kê khai số thuế đã khấu trừ theo tháng, lưu giữ dữ liệu giao dịch và cung cấp thông tin khi cơ quan thuế yêu cầu (Điều 45, 46 Nghị định 252).
Các sắc thuế doanh nghiệp thương mại điện tử phải kê khai
Doanh nghiệp TMĐT, kể cả doanh nghiệp FDI, kê khai ba sắc thuế chính. Mỗi sắc thuế có một điểm cần chú ý riêng khi bán qua sàn.
Thuế GTGT
Thuế suất 8% (đến hết 31/12/2026) hoặc 10% tùy loại hàng hóa, dịch vụ. Doanh nghiệp kê khai theo tháng hoặc quý theo phương pháp khấu trừ. Doanh thu tính thuế là giá bán chưa gồm GTGT, sau các khoản giảm trừ hợp lệ, và phải khớp với tổng hóa đơn điện tử đã lập.
Thuế TNDN
Thuế suất phổ thông 20%, hoặc 15–17% theo quy mô doanh nghiệp. Doanh nghiệp tạm nộp theo quý và quyết toán năm. Doanh thu tính TNDN là giá bán trước khi trừ phí sàn, phí thanh toán, phí vận chuyển. Các khoản phí này hạch toán riêng vào chi phí khi có hóa đơn hợp pháp.
Thuế TNCN
Doanh nghiệp khấu trừ TNCN khi trả thu nhập cho nhân viên và cá nhân thuê ngoài. Với doanh nghiệp TMĐT, nghĩa vụ này phụ thuộc vào cách bạn thuê KOL, KOC và affiliate:
- Thuê qua chương trình tiếp thị liên kết của sàn: Doanh nghiệp trả hoa hồng, phí dịch vụ cho sàn và nhận hóa đơn do sàn xuất. Sàn là bên trực tiếp chi trả cho KOL, KOC nên việc khấu trừ thuế với khoản này thuộc về sàn. Doanh nghiệp không trực tiếp trả thu nhập cho cá nhân nên không khấu trừ TNCN, nhưng nên lưu điều khoản chương trình và hóa đơn hoa hồng của sàn làm hồ sơ chứng minh.
- Thuê qua công ty quản lý KOL (agency): Agency xuất hóa đơn dịch vụ cho doanh nghiệp. Doanh nghiệp không khấu trừ TNCN vì bên nhận tiền là tổ chức.
- Tự ký hợp đồng với cá nhân (không có HĐLĐ hoặc HĐLĐ dưới 3 tháng): Từ 01/07/2026, doanh nghiệp khấu trừ 10% khi chi trả từ 5 triệu đồng mỗi lần trở lên (khoản 2 Điều 50 Nghị định 253/2026/NĐ-CP). Cá nhân đủ điều kiện có thể nộp cam kết để tạm không khấu trừ. Hồ sơ gồm hợp đồng dịch vụ, biên bản nghiệm thu và chứng từ khấu trừ thuế.
- Nhân viên có HĐLĐ từ 3 tháng (livestream, vận hành gian hàng): Thu nhập tính là tiền lương, khấu trừ theo biểu lũy tiến 5 bậc. Chi tiết tại bài thuế TNCN cho doanh nghiệp.
Quy định xuất hóa đơn điện tử cho từng giao dịch online
Hóa đơn điện tử là điểm cơ quan thuế kiểm tra đầu tiên ở doanh nghiệp TMĐT, đồng thời là căn cứ kê khai thuế GTGT. Nghị định 254/2026/NĐ-CP đặt ra ba nguyên tắc sau:
- Loại hóa đơn: Doanh nghiệp TMĐT dùng hóa đơn điện tử có mã hoặc không có mã của cơ quan thuế. Nhóm bán lẻ trực tiếp đến người tiêu dùng theo danh mục dùng hóa đơn khởi tạo từ máy tính tiền.
- Giao dịch B2C người mua không lấy hóa đơn: Bạn vẫn phải lập hóa đơn điện tử. Thông tin người mua ghi theo dữ liệu họ cung cấp. Một số trường hợp đặc thù có thời điểm lập riêng, ví dụ dịch vụ viễn thông qua thẻ trả trước lập hóa đơn tổng hợp cuối ngày.
- Thời điểm lập: Hóa đơn lập khi chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu tiền hay chưa, nên đơn COD vẫn lập khi chuyển giao hàng cho người mua, không chờ tiền về (khoản 1 Điều 9 Nghị định 254). Khách hoàn hàng hoặc hủy đơn thì xử lý hóa đơn đã lập theo cẩm nang hóa đơn điện tử.
Thuế nhà thầu đối với quảng cáo và dịch vụ số xuyên biên giới
Chi phí quảng cáo trực tuyến (Facebook Ads, Google Ads, TikTok Ads) và dịch vụ điện toán đám mây, phần mềm (AWS, Microsoft Azure, SaaS) có cách xử lý thuế tùy khoản mua phát sinh ở đâu. Với hợp đồng trực tiếp, thuế nhà thầu nước ngoài (FCT) áp dụng như thông thường:
- Khoản mua trên nền tảng TMĐT: Doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ GTGT khi mua hàng hóa, dịch vụ của nhà cung cấp nước ngoài trên nền tảng thương mại điện tử phải khấu trừ, nộp thay thuế TNDN, và thuế GTGT đối với phần dịch vụ, tại thời điểm thanh toán (khoản 3 Điều 43 Nghị định 252). Đây là doanh nghiệp Việt Nam khấu trừ, không phải nhà cung cấp nước ngoài.
- Khoản mua theo hợp đồng trực tiếp: Dịch vụ điện toán đám mây, phần mềm ký hợp đồng trực tiếp với nhà cung cấp nước ngoài xử lý theo quy định thuế nhà thầu thông thường. Quảng cáo trực tuyến thuộc cơ chế nào tùy giao dịch phát sinh trên nền tảng thương mại điện tử hay theo hợp đồng trực tiếp.
- Thông báo điện tử và đăng ký thuế: Khi đã khấu trừ, nộp thay đối với giao dịch trên nền tảng có đồng thời chức năng đặt hàng trực tuyến và thanh toán, doanh nghiệp thông báo điện tử cho chủ quản nền tảng để sàn không khấu trừ lại cùng giao dịch, kèm mã giao dịch, giá trị giao dịch và số thuế đã khấu trừ (khoản 4 Điều 43 Nghị định 252). Nhà cung cấp nước ngoài có toàn bộ doanh thu đã được khấu trừ, nộp thay không phải đăng ký thuế riêng (Điều 40 Nghị định 252).
Rủi ro thuế và cách kiểm soát
Cơ quan thuế phân tích rủi ro tự động, đối chiếu tờ khai với dữ liệu giao dịch do sàn cung cấp và dữ liệu hóa đơn điện tử.
Bốn rủi ro thường gặp khi bị đối chiếu dữ liệu
-
Doanh thu trên tờ khai thấp hơn dữ liệu sàn. Lỗi hay gặp là ghi doanh thu theo số tiền sàn chuyển về. Ví dụ minh họa: đơn hàng giá 1.000.000 đồng (chưa gồm GTGT), sàn trừ 150.000 đồng phí và chuyển về 850.000 đồng. Doanh thu phải ghi 1.000.000 đồng, còn 150.000 đồng ghi vào chi phí theo hóa đơn phí dịch vụ sàn.
Cách kiểm soát: Đối soát báo cáo thanh toán của sàn với sao kê ngân hàng hằng tháng. Sao kê thường gộp tiền của nhiều đơn, còn báo cáo sàn liệt kê từng đơn, từng loại phí và đơn hoàn. Voucher trên TikTok Shop, Shopee cần tách theo bên tài trợ. Ví dụ sản phẩm giá 1.000.000 đồng, khách dùng voucher 100.000 đồng: voucher do sàn tài trợ thì doanh thu vẫn ghi 1.000.000 đồng, vì sàn bù phần chênh cho shop; voucher do shop tài trợ thì doanh thu ghi 900.000 đồng, khoản giảm giá thể hiện trên hóa đơn.
-
Lập hóa đơn sai thời điểm hoặc bỏ sót. Đơn COD hay bị lập hóa đơn khi tiền về, trong khi thời điểm lập là lúc chuyển giao hàng cho người mua. Đơn B2C khách không lấy hóa đơn cũng dễ bị bỏ sót.
Cách kiểm soát: Tích hợp phần mềm quản lý bán hàng (OMS/ERP) với phần mềm hóa đơn điện tử để phát hành hóa đơn theo ngày chuyển giao hàng cho người mua. Đơn hoàn, hủy sau khi đã lập hóa đơn phải được xử lý hóa đơn đã lập theo quy định về điều chỉnh, thay thế hóa đơn.
-
Tiền và chi phí đi qua tài khoản cá nhân. Tiền COD, chuyển khoản online về tài khoản giám đốc hoặc nhân viên mà không kê khai. Quảng cáo Facebook, Google trả bằng thẻ cá nhân của giám đốc dễ bị loại khỏi chi phí nếu không đáp ứng điều kiện chứng từ thanh toán.
Cách kiểm soát: Tập trung toàn bộ tiền bán hàng và tiền COD về tài khoản đứng tên doanh nghiệp. Thanh toán quảng cáo bằng thẻ hoặc tài khoản của công ty.
-
Tồn kho âm trên sổ sách. Số liệu đơn hàng trên sàn thường không đồng bộ kịp với dữ liệu kho. Xuất kho ghi theo đơn sàn trong khi hàng nhập hoặc đơn hoàn chưa ghi sổ thì lượng hàng bán ra trên sổ vượt lượng hàng nhập có chứng từ. Cơ quan thuế thường yêu cầu giải trình nguồn gốc số hàng này, và giá vốn tương ứng có thể bị loại khỏi chi phí được trừ.
Cách kiểm soát: Đồng bộ tồn kho giữa sàn, phần mềm quản lý bán hàng và phần mềm kế toán. Ghi phiếu nhập kho ngay khi hàng về kèm hóa đơn mua vào, nhập lại kho đơn hoàn theo báo cáo sàn, và kiểm kê đối chiếu tồn kho thực tế với sổ sách hằng tháng.
Chi phí được trừ đặc thù trong thương mại điện tử
Khoản chi được trừ khi phục vụ sản xuất kinh doanh, có hóa đơn hoặc chứng từ hợp pháp, và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với khoản từ 5 triệu đồng mỗi lần trở lên (khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP). Thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt còn làm mất quyền khấu trừ GTGT đầu vào. Hai khoản chi sau hay bị loại khi quyết toán:
| Khoản mục chi phí | Hồ sơ cần có | Rủi ro bị loại phổ biến |
|---|---|---|
| Phí dịch vụ sàn | Hóa đơn điện tử do công ty quản lý sàn xuất hàng tháng | Hóa đơn sai tên hoặc mã số thuế doanh nghiệp |
| Hàng mẫu, hàng tặng kèm khuyến mại | Hồ sơ chương trình khuyến mại và thủ tục khuyến mại theo quy định hiện hành | Tặng hàng không có hồ sơ khuyến mại hợp lệ |
Với khoản mua của nhà cung cấp nước ngoài nêu ở mục thuế nhà thầu, thuế TNDN doanh nghiệp nộp thay chỉ được tính vào chi phí khi hợp đồng thỏa thuận số tiền bên nước ngoài nhận không bao gồm thuế TNDN.
Mức xử phạt
Không lập hóa đơn khi bán hàng, cung cấp dịch vụ bị phạt từ 1 triệu đến 80 triệu đồng tùy số lượng hóa đơn đối với tổ chức (khoản 3 Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP). Trốn thuế bị truy thu đủ số thuế trốn, tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày và phạt từ 1 đến 3 lần số thuế trốn. Hành vi trốn thuế với số tiền lớn hoặc tái phạm có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Bộ luật Hình sự.
Indochina Link Vietnam hỗ trợ doanh nghiệp TMĐT soát xét doanh thu đa kênh, đối soát dữ liệu sàn, chuẩn hóa chi phí quảng cáo và quyết toán thuế. Bạn có thể tham khảo thêm tại chuyên mục tuân thủ thuế doanh nghiệp hoặc liên hệ trực tiếp để được tư vấn.
Nội dung dựa trên Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 252, Nghị định 254, Nghị định 320 và Nghị định 125. Cập nhật đến tháng 10/2026. Quy định thuế thương mại điện tử thay đổi nhanh, doanh nghiệp nên tham vấn ý kiến chuyên môn trước khi áp dụng.
